Wayne Shorter commence la musique à 16 ans. Choisissant le saxophone ténor, il forme son premier groupe, The Jazz Informes. Très actif sur la scène de Newark, il s'installe à New York City et joue dans les clubs comme le Birdland et le Cafe Bohemia.
A la fin des années 1950, il joue avec John Coltrane et Sonny Rollins mais sa carrière prend réellement son envol lorsqu'il rejoint Art Blakey and the Jazz Messengers en 1959. Il en devient le Directeur Musical en 1963. Parallèlement, Shorter développe sa carrière solo et participe également à des sessions d'enregistrements d’autres musiciens. En 1964, il rejoint le quintet de Miles Davis, après plusieurs sollicitations du trompettiste. Il devient rapidement le compositeur principal du groupe.
En 1970, il co-fonde Weather Report avec Joe Zawinul. Il mène une carrière solo depuis 1986, explorant différentes formes de jazz. En 2003, il reçoit un Grammy Award pour son album Alegria.
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